پس از چهار روز سکوت، علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی در دیدار با تولیت جدید مدرسه مرتضی مطهری، به تحریم بی‌سابقه چهاردهمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری واکنش نشان داد. او گفت عدم مشارکت ۶۰ درصدی در انتخابات به دلیل مشغله و گرفتاری مردم بوده که کارشناسان باید علت آن را پیدا کنند.
خامنه‌ای روز چهارشنبه ۱۳ تیر در سخنان کوتاهی به عدم مشارکت تاریخی شهروندان ایرانی در انتخابات واکنش نشان داد.
او با اشاره به «غلط بودن پیش‌بینی‌ها» و «کمتر از حد توقع بودن میزان مشارکت»، گفت: «این مساله عللی دارد که اهل سیاست و جامعه‌شناسان آن‌ها را بررسی می‌کنند.»
او که پس از انتخابات روز جمعه هشتم تیر ۱۴۰۳ هیچ پیامی صادر نکرد، امروز گفت کسانی که انتخابات را تحریم کردند، «مخالف جمهوری اسلامی نیستند».
خامنه‌ای اضافه کرد تحریم‌کنندگان انتخابات ریاست جمهوری اخیر، «شاید به دلیل مشغله و کار و گرفتاری» در انتخابات شرکت نکرده باشند.
او با اشاره به مخالفان جمهوری اسلامی در کشور، گفت: «این ذهنیت که هر کسی رای نداده متصل به این افراد (مخالفان جمهوری اسلامی) و این طرز فکر است، کاملا غلط و اشتباه است.»
رهبر جمهوری اسلامی پس از شرکت در دور اول انتخابات، گفته بود مشارکت مردم در انتخابات برای جمهوری اسلامی یک نیاز قطعی است.
خامنه‌ای اردیبهشت ۱۳۸۰، پس از مشارکت نزدیک به ۶۷ درصد واجدان شرایط در انتخابات ریاست جمهوری خرداد ۸۰ با اشاره به نرخ مشارکت در کشورهای غربی گفته بود: «ننگ است برای یک ملتی که در انتخابات ریاست جمهوری ۳۵ درصد، ۴۰ درصد شرکت می‌کنند. پیداست مردم به نظام سیاسی‌شان نه اعتماد دارند، نه اعتنا دارند، نه امید دارند.»
رهبر جمهوری اسلامی در ادامه سخنان کوتاه امروز خود درباره انتخابات ابراز امیدواری کرد مردم در مرحله دوم انتخابات که روز جمعه ۱۵ تیر برگزار خواهد شد، مشارکت کنند.
او تاکید کرد: «هر قدر مشارکت بهتر، صریح‌تر و روشن‌تر باشد، نظام برای تحقق اهداف خود در داخل و پیگیری اهداف در مجموعه امتداد راهبردی کشور، از توانایی بیشتری برخوردار خواهد شد.»
کارشناسان درباره نرخ مشارکت ۴۰ درصدی که به طور رسمی از سوی جمهوری اسلامی اعلام شده است تردید جدی دارند و آن را غیر واقعی می‌دانند.
خامنه‌ای از زمان آغاز رهبری خود بر روی نرخ مشارکت در انتخابات حساسیت ویژه‌ای داشته و بارها به نقش جناح موسوم به اصلاح‌طلب برای تحقق مشارکت بالا در جمهوری اسلامی تاکید کرده است.
رهبر جمهوری اسلامی، اصلاح‌طلبان را یکی از دو بال نظام می‌داند و پیش‌تر تاکید کرده است اگر محمد خاتمی نبود، خود او جناح چپی ایجاد می‌کرد تا تعادل در جمهوری اسلامی برقرار شود.
در دور اول انتخابات زودهنگام ریاست‌جمهوری سال ۱۴۰۳، با وجود حمایت قاطع و کامل اصلاح‌طلبان و اعتدال‌گرایان از مسعود پزشکیان، شهروندان ایرانی به طرز بی‌سابقه‌ای انتخابات را تحریم کردند. موضوعی که باعث شد خامنه‌ای برای اولین بار پس از یک انتخابات ریاست‌جمهوری، پیام تبریک و تشکر صادر نکند.