محمد خاتمی در جمع مشاورانش تحریم انتخابات را از سوی ۶۰ درصد مردم، بی‌سابقه و نشانه نارضایتی عمومی و «قهر اکثریت با نظام» دانست. رهبر جریان اصلاحات که در دور اول هم از مسعود پزشکیان حمایت کرد، از مردم خواست در دور دوم کار را تمام کنند و مانع انتخاب «فردی با رای اندک» شوند.
خاتمی تحریم انتخابات را از سوی عموم مردم «امری بی‌سابقه پس از انقلاب» توصیف کرد.
جمهوری اسلامی میزان مشارکت در دور نخست انتخابات را حدود ۴۰ درصد اعلام کرد اما بسیاری از کارشناسان نسبت به واقعی بودن همین آمار هم تردیدهایی جدی دارند.
خاتمی آمار پایین مشارکت را نشانه نارضایتی مردم از اوضاع و احوالی خواند که بر جامعه می‌گذرد و گفت که این وضعیت حاکی از «قهر اکثریت با نظام حکمرانی» است.
او ادامه داد: «این نارضایتی مختص کسانی نیست که در رای‌گیری شرکت نکرده‌اند بلکه بسیاری از کسانی که شرکت کرده‌اند نیز ناراضی‌اند و به امید تغییر، رای داده‌اند.»
خاتمی پیش از اعلام نتایج تایید صلاحیت‌‌شدگان از سوی شورای نگهبان گفته بود اگر نامزد مورد قبول اصلاحات تایید صلاحیت شود، اصلاح‌طلبان در انتخابات مشارکت خواهند کرد.
با تایید صلاحیت پزشکیان از سوی شورای نگهبان، خاتمی با انتشار پیامی خبر داد که به او رای خواهد داد.
علاوه بر خاتمی، تقریبا تمام اصلاح‌طلبان از پزشکیان حمایت کردند.
این حمایت گسترده نشان داد شرط خاتمی محقق شده است.
در مقابل خاتمی و اصلاح‌طلبان حامی پزشکیان، برخی چهره‌های این جریان حاضر به حمایت از این نامزد نشدند. از جمله میرحسین موسوی و زهرا رهنورد که صندوق رای را نپذیرفتند و مصطفی تاجزاده که در زندان، در انتخابات شرکت نکرد.
خاتمی در ادامه سخنان خود به معرفی دو رویکرد در جمهوری اسلامی پرداخت و یکی از آن‌ها را تفکر و رویکردی دانست که با «جمهوریت مخالفت آشکار دارد».
به گفته رییس‌جمهوری اسبق ایران، این رویکرد، «تحریم‌ها را نعمت می‌داند و گسترش فقر و فساد فزاینده در جامعه و از میان رفتن سرمایه‌های مادی و معنوی و انسانی»، حاصل آن است.
او در معرفی رویکرد دوم گفت: «در برابر آن تفکر و رویکردی است که همه مردم را با هر گرایش، جنسیت، قومیت و آیین، به‌عنوان شهروندان صاحب حق و حاکم بر سرنوشت خود به حساب می‌آورد.»
خاتمی، شهروندان تحریم‌‌کننده انتخابات را مخالف رویکرد اول دانست و گفت: «اکثریت قاطع مردم از جمله در انتخابات اخیر رویکرد اول را رد کرده‌اند و این را چه کسانی که رای ندادند و چه آنان که به تغییر رای دادند به خوبی ابراز کردند.»
او در حالی رای تحریم‌کنندگان انتخابات را به نفع جریان خود یا همان رویکرد دوم به حساب آورد که بخش بزرگی از آن جامعه ۶۰ درصدی، با پزشکیان، نامزد مورد حمایت خاتمی هم مخالفند.
از جمله دلایل تحریم‌کنندگان این است که پزشکیان صراحتا از ولایت مطلقه فقیه و علی خامنه‌ای حمایت می‌کند و خود را ذوب در ولایت می‌داند.
او از حامیان سرسخت و قدیمی حجاب اجباری است.
انتقاد پزشکیان در مناظره‌ها و برنامه‌های تبلیغاتی، نه به اصل تحمیل حجاب اجباری، که به نحوه این تحمیل باز می‌گردد.
پزشکیان در مناظره سوم درباره دلایل مخالفت زنان ایرانی با حجاب اجباری گفت: «اگر اشکالی هست، دختران و زنان ایران را ما تربیت کردیم.»
این سخنان با واکنش گسترده شهروندان ایرانی مواجه شد.
خاتمی در پایان سخنان خود، بار دیگر حامیانش را به شرکت در انتخابات دعوت کرد و گفت: «منطق، احساس مسئولیت و خیرخواهی نسبت به وطن و هم‌وطنان ایجاب می‌کند همه بیایند و کار ناتمام را تمام کنند و با غیبت خود سبب نشوند رویکردی را که نمی‌خواهند و آن را به زیان ملک و ملت می‌دانند، با رای اندک به پیروزی برسد.»
فراتر از نتیجه انتخابات، میزان مشارکت در آن عمق بی‌اعتمادی شهروندان ایرانی را به جمهوری اسلامی نشان داده است.
نگاهی به ۱۴ دور برگزاری انتخابات ریاست‌جمهوری در جمهوری اسلامی نشان می‌دهد اصلاح‌طلبان چطور در انتخابات هفتم و هشتم با خاتمی، با افزایش مشارکت سبب مشروعیت‌بخشی به جمهوری اسلامی شدند.
مشارکت ۴۰ درصدی در این دور که بسیاری آن را یک‌سوم آمار واقعی می‌دانند سبب شد خامنه‌ای که اغلب درست بعد از اعلام نتایج، پیام تشکر از مردم صادر می‌کرد، این‌بار سکوت کند.
اصلاح‌طلبان در دوقطبی پزشکیان و سعید جلیلی، به دنبال گرفتن رای سلبی شهروندان علیه جلیلی و به نفع پزشکیان هستند.
به گفته ناظران، رای سلبی اگر به میدان بیاید، بیش از اینکه به نفع پزشکیان باشد، به داد مشروعیت تضعیف شده جمهوری اسلامی می‌رسد.