کامران غضنفری، نماینده تهران در مجلس، گزارش مقامات جمهوری اسلامی درباره سقوط بالگرد ابراهیم رئیسی به دلیل توده ابر متراکم را «خنده‌دار» خواند و گفت که آنان مصلحت نمی‌دانند اعلام کنند اسرائیل و آمریکا با همکاری جمهوری آذربایجان، رئیسی را کشتند.
نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی، در همایشی با عنوان «فریاد ایران-۲» گفت: «مرغ پخته هم از گزارش مقامات درباره سقوط بالگرد رئیسی به دلیل وضعیت آب و هوا و توده متراکم ابر، خنده‌اش می‌گیرد.»
غضنفری در ادامه سخنان خود در این همایش که پنج‌شنبه ۲۲ آذر برگزار شد، گفت: «عجب ابر متراکم هوشمندی بود که از میان سه بالگرد سراغ بالگرد وسط رفت که بالگرد رئیسی بود.»
پیش از این نیز برخی مقام‌های جمهوری اسلامی فرضیه نقش داشتن اسرائیل و آمریکا در سقوط بالگرد ابراهیم رئیسی را مطرح کرده‌اند.
این موضوع پس از کشته شدن اسماعیل هنیه در تهران بار دیگر مطرح شد؛ از جمله از سوی محمد‌مهدی اسماعیلی، وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی دولت رئیسی که تصویر او و حسین امیرعبداللهیان، وزیر امور خارجه کشته شده را در کنار تصویر قاسم سلیمانی، ابومهدی المهندس و اسماعیل هنیه قرار داد و از انتقام سخن گفت.
در همین حال پس از انفجار پیجیرهای حزب‌الله، احمد بخشایش اردستانی، عضو کمیسیون امنیت ملی مجلس گفت که رئیسی هم از یک پیجر استفاده می‌کرد و یک سناریوی محتمل «سقوط بالگرد بر اثر انفجار پیجر او» است.
آمریکا و اسرائیل نقش داشتن در سقوط بالگرد رئیسی را تکذیب کرده‌اند.
یک مقام اسرائیلی که نامش ذکر نشده، دوشنبه ۳۱ اردیبهشت در این باره به خبرگزاری رویترز گفت: «ما نبودیم.»
سخنگوی وزارت امور خارجه آمریکا نیز در بیانیه‌ای مطبوعاتی گفت که تهران برای نجات رئیسی درخواست کمک کرد اما «به دلایل لجستیکی امکان انجام این کار مقدور نبود».
اسرائیل مسئولیت کشته شدن اسماعیل هنیه، رییس دفتر سیاسی حماس و دیگر ترورها در ایران از جمله ترور دست اندرکاران برنامه اتمی جمهوری اسلامی را بر عهده نگرفته است.
فرضیه حذف به دلیل موضوع جانشینی مجتبی خامنه‌ای
یکی دیگر از فرضیه‌های مطرح درباره سقوط بالگرد رئیسی، حذف او به دلیل رقابت بر سر جانشینی علی خامنه‌ای است.
مهدی نصیری، مدیر مسئول پیشین روزنامه کیهان گفته است: «در آخرین جلسه مجلس خبرگان قبلی، نمایندگانی در نطق‌های قبل از دستور درباره رهبری مجتبی خامنه‌ای صحبت کردند که با واکنش افرادی چون رئیسی و احمد خاتمی مواجه شد.»
او گفته بود که دو روز قبل از افتتاح مجلس جدید، حادثه بالگرد رئیسی رخ داد و بعد هم احمد خاتمی در هیات رییسه مجلس جدید حضور نیافت.
موضوع جانشینی مجتبی خامنه‌ای در سال‌های اخیر بارها مطرح شده و میرحسین موسوی، از رهبران اعتراض‌ها به نتایج انتخابات سال ۱۳۸۸ در ایران نیز دو سال پیش در یادداشتی نسبت به جانشینی موروثی رهبری در حکومت جمهوری اسلامی هشدار داد.