کمپین حقوق بشر در ایران طی بیانیه‌ای درباره صدور حکم انحلال جمعیت امداد دانشجویی‌مردمی امام علی، تاکید کرد که حسن روحانی با شعار به احترام به حقوق شهروندی رای کسب کرد اما دولت او همراه با نهادهای امنیتی تیشه به ریشه جامعه مدنی زده است.
این کمپین تاکید کرد که صدور حکم بدوی خیریه «جمعیت امام علی» به عنوان بزرگترین نهاد مدنی مستقل و تنها ان‌جی‌اوی ایرانی دارای مقام مشورتی عام سازمان ملل، گواه دخالت مقامات حکومتی در روند فعالیت‌های موسسات و نهادهای مستقل و مردم‌نهاد در ایران است.
در بیانیه کمپین حقوق بشر در ایران آمده است که حکم انحلال جمعیت امام علی دنباله روند اعمال یک سیاست حکومتی بسیار نگران کننده و سیستماتیک است که طرز فکر نهادهای امنیتی را پیاده می‌کند، سیاستی که درصدد است «با ایجاد سازمان‌های موازی و تحت کنترل خود، سازمان‌های مستقل و موثر را از بطن جامعه حذف کند».
مرور مراحل طی شده از بازداشت مدیران جمعیت امام علی تا صدور حکم انحلال جمعیت امداد دانشجویی‌مردمی امام علی، همکاری وزارت کشور حسن روحانی، قرارگاه ثارالله سپاه پاسداران و قوه قضاییه به ریاست ابراهیم رییسی در برخورد با این جمعیت خیریه را تایید می‌کند.
جمعیت امام علی پس از بازداشت شارمین میمندی‌نژاد موسس و دو نفر از مدیرانش در تابستان سال‌جاری در اطلاعیه‌ای اعلام کرد که قرارگاه ثارالله سپاه پاسداران یکی از شاکیان این جمعیت بوده است.
فرماندهی قرارگاه ثارالله، قرارگاه امنیتی ویژه پایتخت، نیز یک روز قبل از بازداشت موسس جمعیت امام علی در تابستان سال‌جاری، به حسین نجات سپرده شد. او ۱۰ سال فرمانده سپاه ولی‌امر، سپاه ویژه حفاظت از شخص علی خامنه‌ای و سه سال نیز قائم مقام فرمانده سازمان اطلاعات سپاه پاسداران بوده و از فرماندهان بسیار نزدیک و مورد اعتماد خامنه‌ای است.
حسین نجات تهدید اصلی علیه جمهوری اسلامی را درحال حاضر «براندازی از سوی طبقات فرودست و حاشیه‌نشین» می‌داند، همان بخش از جامعه ایران که دریافت کننده خدمات جمعیت امام علی آن نیز بوده‌اند.
نجات چهارشنبه چهارم دی ماه ۹۸ طی سخنانی در «همایش نخبگان عصر ستایشگری» در مشهد، به عنوان معاون فرهنگی سپاه پاسداران، اعتراضات آبان ماه گذشته را بخشی از «مدل جدید براندازی» توصیف کرد و معترضان را «بی‌سواد و حاشیه‌نشین» خواند.
او همان روز گفت که «مدل براندازی غرب در مقابل انقلاب اسلامی طی این ۴۰ سال تغییر کرده است و در این مدل جدید براندازی، تکیه بر افراد فرودست جامعه و کسانی است که محصول حاشیه‌نشینی و بی‌سوادی هستند و در فضای مجازی آلوده شده‌اند.»
یک روز بعد از انتصاب حسین نجات به ریاست قرارگاه ثارالله، موسس و دو نفر از مدیران جمعیت امام علی بازداشت شدند.
چند ماه پس از بازداشت موسس جمعیت امام علی نیز وزارت کشور تحت نظر عبدالرضا رحمانی فضلی، وزیر کشور دولت حسن روحانی، طی شکایتی به قوه قضاییه خواهان انحلال جمعیت امام علی توسط مراجع قضایی شد.
دادگاه رسیدگی به شکایت وزارت کشور از جمعیت امام علی روز ۱۲ اسفند ماه سال‌جاری برگزار شد و در اقدامی کم سابقه یک روز بعد در ۱۳ اسفند ماه دادگاه بدوی به استناد موارد مطرح شده در شکایت وزارت کشور، حکم انحلال جمعیت امام علی را صادر کرد.
جمعیت امام علی برای فعالیت‌هایش همه مجوزهای قانونی را پیشتر اخذ کرده و طی بیست سال گذشته «در چارچوب قانون به فعالیت می‌کرد» و همه اتهامات وارد شده از سوی قرارگاه ثارالله و وزارت کشور را «کاملا بی‌پایه و اساس» خواند، با این حال فقط یک روز بعد از برگزاری دادگاه، حکم انحلال آن از سوی قوه قضاییه صادر شد.
خیریه «جمعیت امام علی» ششم اسفند ماه در نامه‌ای به حسن روحانی با نقل بخش‌هایی از شکایت « معاونت اجتماعی وزارت کشور» دولت او علیه جمعیت امام علی، خطاب به رییس دولت دوازدهم نوشت: «اجازه ندهید داغ این ننگ بر پیشانی دولت شما پایانی تلخ را رقم بزند که حاصل اشک و آه مظلومان مملکت باشد.»