علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، با عقب‌نشینی از مواضع پیشین، نقش تهران در حملات مرگ‌بار شبه‌نظامیان حماس علیه اسرائیل را تکذیب کرد. اظهارات او تنها ساعاتی پس از هشدار آمریکا به جمهوری اسلامی مبنی بر دخالت نکردن در جنگ حماس و اسرائیل مطرح شدند.
رهبر جمهوری اسلامی صبح سه‌شنبه ۱۸ مهر در مراسم مشترک دانش‌آموختگی دانشجویان دانشگاه‌های افسری نیروهای مسلح، تهاجم حماس به اسرائیل را به یک «زلزله ویرانگر» تشبیه کرد و گفت که اسرائیل «هم از لحاظ نظامی هم از لحاظ اطلاعاتی، یک شکست غیر قابل ترمیم» خورده است.
او همچنین تاکید کرد کسانی که معتقدند حملات حماس «کار غیر‌فلسطینی‌ها است، دچار محاسبه غلط شده‌اند».
خامنه‌ای نقش تهران در حملات حماس را رد کرد اما در عین حال گفت: «ما پیشانی و بازوی طراحان مدبر و هوشمند و جوانان فلسطینی را می‌بوسیم.»
این اظهارات خامنه‌ای در حالی مطرح شدند که چارلز کیو براون، رییس ستاد کل نیروهای مسلح آمریکا روز ۱۷ مهر به ایران هشدار داد از دخالت در مناقشه حماس و اسرائیل پرهیز کند.
هم‌زمان گزارش‌ها از ادامه درگیری‌ها میان حماس و اسرائیل حکایت دارند. تایمز اسرائیل نوشت ارتش این کشور کنترل کامل مرز اسرائیل با نوار غزه را به دست گرفته است.
پیش از این واشینگتن‌پست در گزارشی به نقل از مقام‌های امنیتی غربی و خاورمیانه‌ای نوشت حمله به اسرائیل با «حمایت عمده» جمهوری اسلامی که شامل «آموزش نظامی و کمک لجستیکی و همچنین ده‌ها میلیون دلار برای تسلیحات» می‌شود، از یک سال پیش طراحی شده.
روز دو‌شنبه ۱۷ مهر نیز وال‌استریت ژورنال گزارش داد سپاه پاسداران، حماس و حزب‌الله از ماه میلادی اوت جلسه‌های متعددی را برای برنامه‌ریزی حمله به اسرائیل در بیروت، پایتخت لبنان ترتیب دادند که در برخی از آن‌ها اسماعیل قاآنی، فرمانده نیروی قدس سپاه و حسن نصرالله، دبیرکل حزب‌الله نیز حضور داشتند.
خامنه‌ای اما اسرائیل را مقصر حملات حماس معرفی کرد و گفت اقدام «شجاعانه» و «فداکارانه» فلسطینی‌ها پاسخی به جنایات اسرائیل بود که «سال‌ها ادامه داشت و در ماه‌های اخیر شدت آن افزایش پیدا کرده بود».
او افزود: «وقتی ظلم و جنایت از حد گذشت، وقتی درنده‌خویی به نهایت رسید، باید منتظر طوفان بود.»
اشاره رهبر جمهوری اسلامی احتمالا به «طوفان الاقصی» است که به نام عملیات نظامی حماس علیه اسرائیل اشاره دارد.
رهبر جمهوری اسلامی همچنین اسرائیل را به مظلوم‌نمایی متهم کرد و گفت این کشور با مظلوم‌نمایی در پی آن است که «جنایات خودش را توجیه کند».
او به اسرائیل هشدار داد «قتل عام و کشتار دسته جمعی مردم غزه بلای بزرگ‌تری را بر سر آن‌ها خواهد آورد».
ابراهیم رئیسی، رییس دولت جمهوری اسلامی هم روز سه‌شنبه ۱۸ مهر درباره حمله حماس به اسرائیل گفت: «ایستادگی و مقاومت فلسطین در عملیات غرورآفرین اخیر مثال زدنی است.»
او افزود: «رشادت، شجاعت، ایستادگی، مقاومت، ابتکار عمل و خلاقیت مجاهدین فلسطینی را تبریک می‌گویم.»
ساعاتی پس از شروع حمله گسترده و هماهنگ حماس به اسرائیل در روز شنبه ۱۵ مهر، نگاه‌ها به سوی تهران چرخید و گمانه‌زنی‌ها درباره نقش جمهوری اسلامی در برنامه‌ریزی این هجوم آغاز شد.
جمهوری اسلامی که در دهه‌های گذشته اعلام کرده به دنبال نابودی اسرائیل است، در چند ماه اخیر به لفاظی‌های خود علیه تل‌آویو شدت بخشیده است.
جان کربی، سخنگوی شورای امنیت ملی کاخ سفید، روز ۱۷ مهر به شبکه ام‌اس‌ان‌بی‌سی گفت با وجود اینکه ایالات متحده هیچ اطلاعات یا مدرکی دال بر مشارکت مستقیم جمهوری اسلامی در حملات حماس به اسرائیل در دست ندارد اما تهران شریک جرم است.
او افزود جمهوری اسلامی مدت‌هاست از حماس و دیگر شبکه‌های تروریستی در سراسر منطقه حمایت می‌کند.