رسانه‌های داخل ایران از قول رضا درویش، مدیرعامل پرسپولیس نوشته‌اند که کریم باقری در ترکیب فصل آینده نیمکت سرخپوشان جایی ندارد و جلال حسینی جایگزین شده است. ایران اینترنشنال یک هفته پیش خبر داد که نهادهای امنیتی به مدیران پرسپولیس اعلام کرده‌اند باقری باید از کادر فنی خارج شود.
به گفته منابع ایران اینترنشنال، نهادهای امنیتی اجازه تمدید قرارداد با کریم باقری را به دلیل حمایتش از خیزش انقلابی مردم ایران نداده‌اند.
پس از این کریم باقری گفت که هیچ تماسی از باشگاه برای تمدید قرارداد دریافت نکرده. او تایید کرد که کسی از پرسپولیس با او برای تمدید قرارداد تماس نگرفته است: «تا الان که تماسی نگرفته‌اند. اگر تمایلی برای ادامه همکاری نداشته باشند هیچ‌مشکلی وجود ندارد. در هر صورت هر آمدنی رفتنی دارد. قرار نیست که تا ابد در پرسپولیس بمانم.»
اما در واکنش به اظهارات مدیرعامل پرسپولیس؛ کریم باقری به فرهیختگان گفته: قبلا هم بعد از پایان قراردادم با باشگاه پرسپولیس تماسی با من در مورد تمدید قراردادم گرفته نشد و الان هم حرف جدیدی ندارم جز اینکه برای پرسپولیس آرزوی موفقیت می کنم.
کریم باقری اما در شروع اعتراضات پس از کشته شدن ژینا (مهسا) امینی در بازداشتگاه گشت ارشاد، در صفحه اینستاگرامش نوشت: «در این روزهای سخت من و امثال من وظیفه داریم کنار مردم باشیم چون از خود مردم هستیم. چه دنیای ورزشی شد، چه تیم ملی‌ای شد، چه می‌گذرد بر ما؟ ... حال این روزهای کشورم و مردمم را حتی اگر در خواب هم می‌دیدم باورم نمی‌شد.»