حسین مرتضوی‌زنجانی، رییس سابق زندان اوین، در نشستی در کلاب هاوس گفت که ابراهیم رئیسی در گرفتن حکم اعدام زندانیان سیاسی از خمینی نقش مستقیم داشته است.
این نخستین افشاگری یک مقام پیشین قضاییه درباره دخالت مستقیم رییس‌جمهور ایران در کشتار زندانیان سیاسی در زندان است.
رییس اسبق زندان اوین در یک اتاق کلاب‌هاوس به نام «برای فردای بهتر» گفت که رئیسی که در زمانی که معاون دادستان تهران بوده، به او گفته است: «ما امروز رفتیم و حکمی را از امام (روح الله خمینی) برای اعدام زندانیان گرفتیم.»
مرتضوی در این نشست افزود: «تنها راه خلاص شدن جمهوری اسلامی این بوده که موضوع زندانیان را در دوره زنده بودن خمینی حل کنند. حال خود او نامه دستور اعدام زندانیان را نوشت یا احمد خمینی نوشت نمی‌دانم، اما به هر حال (اعدام زندانیان) نظر خمینی بوده و ممکن است که متن نامه را او ننوشته باشد.»
رییس پیشین زندان اوین اعلام کرد که از اتاق خود می‌دیده که جنازه زندانیان اعدام‌شده به کامیون‌ها انداخته و از زندان خارج می‌شده‌اند.
مرتضوی گفت که در جلسه‌ای با حضور اعضای تصمیم‌گیرنده درباره اعدام زندانیان موسوم به «هیات مرگ» اعلام کرده اعدام زندانیان را «قبول ندارد و استعفا داده است».
رییس اسبق زندان اوین گفت که در این جلسه یکی از معاونان وزارت اطلاعات او را تهدید به اعدام کرده است.
او افزود: «یکی از معاونان اطلاعات گفت که خیلی چت و پرت می‌گویی. این جا مرتضوی زیاد است و تو را هم قاطی آنها (زندانیان) می‌کنیم و می‌روی.»
مرتضوی تاکید کرد با وجود اینکه در اعدام زندانیان نقش مستقیم نداشته، به دلیل سکوت در برابر اعدام زندانیان احساس گناه می‌کند و «اگر با آب زمزم هم غسل داده شود، پاک نمی‌شود».
در سال ۱۳۶۷ به دنبال صدور فتوا و فرمان روح‌الله خمینی، چند هزار نفر از زندانیان سیاسی و عقیدتی در زندان‌های جمهوری اسلامی مخفیانه اعدام و در گورهای جمعی دفن شدند.
ابراهیم رئیسی که یکی از اعضای هیات تصمیم‌گیرنده در مورد زندانیان معروف به «هیات مرگ» بود، پس از اعلام پیروزی‌اش در انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۴۰۰ در پاسخ به سوال خبرنگار الجزیره گفت از ابتدای مسئولیتش در دستگاه قضایی «مدافع حقوق بشر» بوده و برای اقداماتش «باید مورد تقدیر و تشویق» قرار بگیرد.
رییس سابق زندان اوین همچنین گفت که زندانیان زن باکره قبل از اعدام به ازدواج اجباری با زندانبان درآمدند چون معتقد بودند که آنان «نباید بی گناه از دنیا بروند (به بهشت بروند)».
مرتضوی تاکید کرد:« پدر یکی از دختران اعدام شده به من گفت که بعد از اعدام دخترم پولی را به من دادند و گفتند که این پول عقد شرعی دخترت است.»
بر اساس روایت زندانیان سیاسی در دهه ۶۰ ، روحانیون حاکم بر جمهوری اسلامی بر این باور بودند که اگر دختران باکره اعدام شوند به بهشت می‌روند و به همین دلیل در قالب ازدواج اجباری به آنان تجاوز می کردند تا باکره از دنیا نروند.
حسین مرتضوی زنجانی در سال‌های ۱۳۶۴ تا ۱۳۶۷ مسئولیت‌های مهم مختلفی در مدیریت زندان‌های جمهوری اسلامی از جمله ریاست زندان گوهردشت و زندان اوین را برعهده داشت.